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Los síntomas clínicos debidos a lesiones del hipotálamo pueden ser, igual que ocurría con la anatomía y la fisiología, muy variados y difíciles de sistematizar. Debido al pequeño tamaño del hipotálamo y a que todos los núcleos están muy próximos entre sí, es posible que nos encontremos lesiones que puedan afectar a varias estructuras al mismo tiempo, por lo que muchas veces la localización de la lesión anatómica no puede realizarse con precisión. Igualmente, debido a los cambios de función que el hipotálamo sufre con la edad, puede ocurrir que la misma lesión anatómica se manifieste con diferentes síntomas clínicos. En general cualquier lesión puede afectar al hipotálamo, es decir, no existen patologías específicas de esta región, aunque habitualmente se trata de lesiones ocupantes de espacio, como por ejemplo tumores (craneofaringiomas, gliomas), hidrocefalia, sarcoidosis, o secundarias a traumatismos cráneo-encefálicos, cirugías, ictus, etc… Hay que tener en cuenta que muchas veces las lesiones unilaterales rara vez dan síntomas, especialmente si son de crecimiento lento, mientras que las lesiones agudas suelen dar una sintomatología muy florida.

En general se puede resumir los grandes síndromes clínicos en 4 regiones, igual que la división anatómica. Las zonas anterior y lateral son la de predominio parasimpático, mientras que las áreas posterior y medial son fundamentalmente simpáticas.

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